Pra-kolonial

Wilayah tersebut menyaksikan kemenangan Raja Haji Fisabilillah dari Johor-Riau semasa pertempuran menentang Syarikat Hindia Timur Belanda pada 6 Januari 1784 di Tanjung Pinang, Riau. Itu adalah kempen ketenteraan terbesar di Selat Melaka yang diadakan pada abad ke-18.

Sejarah merekodkan Kepulauan Riau merupakan sebahagian dari empayar Kesultanan Melayu Melaka tepatnya ketika era pentadbiran dan perluasaan Bendahara Tun Perak pada kurun ke-15 masihi, selepas kemunduran Empayar Srivijaya di wilayah Asia Tenggara. Serpihan pemerintahan Melaka itu kemudian disambung oleh Kesultanan Johor selepas kejatuhan Melaka ke tangan pihak Portugis pada tahun 1511. Ketika era kegemilangan Kesultanan Johor, kesultanan itu berjaya diperluaskan dari utara Semenanjung Tanah Melayu, ke timur Sumatera, Singapura, Kepulauan Bangka dan Jambi.

Berdasarkan tetapan rekod sejarah Hikayat Johor tahun 1849, pada tanggal 27 September 1673, Laksamana Johor, Tun Abdul Jamil telah diperintahkan oleh Sultan Abdul Jalil Shah III (Sultan Johor ke-8) untuk membuka penempatan baharu di Sungai Carang, Ulu Riau, dekat Kepulauan Bintan. Penempatan kaum Melayu di tebing Sungai Carang inilah kemudiannya dikenali sebagai Riau Lama. Pada awalnya, kubu dibina untuk melindungi keselamatan Empayar Johor, tetapi kawasan tersebut secara tidak langsung menjadi pusat entrepot yang terkenal sebagai pusat perdagangan dan pelabuhan baharu di Selat Melaka.

Ulu Riau kemudiannya menjadi ibu negeri Johor yang baru ketika era pemerintahan Sultan Johor, Sultan Ibrahim Shah, Johor (Sultan Johor ke-9). Baginda telah memindahkan ibu kota Johor Lama dari Batu Sawar, Kota Tinggi, Johor di Semenanjung Tanah Melayu ke Riau Lama. Kota Batu Sawar telah dihancurkan oleh Kesultanan Jambi pada 4 Oktober 1722. Riau Lama menjadi ibu kota Johor dan empayar jajahannya selama 65 tahun dari tahun 1722 hingga 1787.[1]

Kepentingan Lingga bermula sejak kemahkotaan Sultan Mahmud Shah III (Sultan Johor ke-16) pada tahun 1761. Baginda menempatkan ibu kota Riau Lama, Ulu Riau, Bintan ke Daik, Lingga pada tahun 1788. Pemindahan ini dibuat bagi mengurangkan gangguan dari pihak Belanda. Baginda kemudian meminta bantuan saudara jauhnya Raja Ismail, seorang penguasa di Tempasuk, Kepulauan Borneo (kini Sabah) untuk merancang kempen melawan penjajah Belanda secara sistematik. Kempen ini telah berjaya dan Sultan menghadiahkan hadiah khusus buat mereka.

Era kolonial

Riau-Lingga pada awalnya merupakan sebahagian dari Kesultanan Melaka, dan kemudian Kesultanan Johor-Riau. Pada 1812 Sultan Mahmud Shah III wafat. Dalam sengketa perebutan kuasa yang timbul, pihak Inggeris mendukung putera tertua, Tengku Hussain kerana mempunyai muslihatnya tersendiri, sedangkan pihak Belanda mendukung adik tirinya, Tengku Abdul Rahman. Kesan dari Perjanjian Inggeris-Belanda pada 1824 perluasan kuasa Kesultanan Johor-Riau menjadi dua, di mana Johor Moden berada di bawah pengaruh Inggeris sedangkan Riau-Lingga berada di dalam pengaruh Belanda. Tengku Abdul Rahman ditabalkan menjadi Sultan Lingga-Riau dengan gelaran Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah.

Pada 7 Oktober 1857 pemerintah Hindia-Belanda menurunkan Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah dari takhtanya. Pada saat itu Sultan sedang bersemayam di Singapura. Sebagai penggantinya diangkat bapa saudaranya, yang menjadi Sultan dengan gelaran Sultan Sulaiman II Badrul Alam Shah.

Jawatan (Yang Dipertuan Muda) yang biasanya dipegang oleh bangsawan dari keturunan Bugis disatukan dengan jabatan raja oleh Sultan Abdul Rahman II Muazzam Shah pada 1899. Kerana tidak ingin menandatangani kontrak yang membatasi kekuasaannya, Sultan Abdul Rahman II Muazzam Shah meninggalkan Pulau Penyengat dan berhijrah ke Singapura. Pemerintah Hindia Belanda menurunkan Sultan Abdul Rahman II Muazzam Shah dari takhtanya 10 Februari 1911 serta memecat Tengku Mahkotanya, Tengku Besar Umar Muazzam Shah. Mereka akhirnya meninggalkan Riau-Lingga buat selama-lamanya dan bersemayam sebagai kerabat bangsawan di Singapura.